El espíritu romántico de sus canciones, ensalzando la patria vasca y los fueros, le canjearon de una parte el fervor popular, pero también el recelo de las autoridades. Preocupados por las multitudinarias concentraciones en torno a los conciertos de Iparraguirre, las autoridades optaron por detenerle en la cárcel de Tolosa, y prohibirle permanecer en cualquiera de las provincias vascas. En éste su segundo exilio, que se extiende de 1853 a 1859, Iparraguirre recorrerá Santander, Asturias, Galicia y Portugal.