Nació en Urretxu y falleció en Ezkio-Itsaso (Gipuzkoa).
Hijo de José Agustín Iparraguirre Aramburu oriundo de Idiazabal, y Francisca Manuela Balerdi Escorta [/Oscorta], de Gabiria. Ambos padres se dedicaban al comercio de confituras en Urretxu.
Estudió primeras letras con el maestro Pedro Guridi, y al cumplir los 5 años su padre le envió a estudiar castellano, historia y geografía con su tío, en Zerain. A los 11 años muda de nuevo de residencia, esta vez a Vitoria, para realizar estudios de Latín. Al poco tiempo se traslada de nuevo con su familia a Madrid. Una vez allí, ingresa al Colegio de San Isidro para continuar sus estudios (¿1831/32?). Por dicha trayectoria, se piensa que su padre esperaba que Iparraguirre se formara como seminarista.
La I Guerra Carlista (1833-1840) puso fin a los estudios madrileños de José María que, sin avisar a sus padres, viajó al País Vasco para alistarse como voluntario en el bando carlista.
Resultó herido en acción de guerra en Mendigorria, Arrigorriaga y Castrajena. Por las lesiones y como reconocimiento a sus servicios, pasó a formar parte de la Guardia de Honor de Don Carlos. Tras el abrazo de Bergara (1839) se exilió del país con apenas 19 años.
Los años entre 1839 y 1852 constituyen el período bohemio de Iparraguirre por Europa. Anduvo errante por Francia, Italia, Suiza e Inglaterra. Durante estos años habría desarrollado su vocación musical y realizado estudios de canto en París con la soprano Carolina Duprez, e incursionado en el mundo de la actuación y la comedia. Actividades con las que se habría ganado el sustento, interpretando canciones con su guitarra en el espectáculo de una compañía de comediantes italianos. Tenía ambición teatral, pero conquistó la escena con su potente voz para el canto.
Su regreso a Bilbao en 1852 habría sido posible gracias a la mediación del General Mazarredo, que intercedió por él para que se le concediera el indulto. De vuelta a la patria, continuó con su carrera musical, interpretando sus composiciones en ciudades y pueblos.
El espíritu romántico de sus canciones, ensalzando la patria vasca y los fueros, le canjearon de una parte el fervor popular, pero también el recelo de las autoridades. Preocupados por las multitudinarias concentraciones en torno a los conciertos de Iparraguirre, las autoridades optaron por detenerle en la cárcel de Tolosa, y prohibirle permanecer en cualquiera de las provincias vascas.
En éste su segundo exilio, que se extiende de 1853 a 1859, Iparraguirre recorrerá Santander, Asturias, Galicia y Portugal. En 1859, poco después de un breve viaje a Tolosa donde contrae matrimonio con María Ángeles Querejeta, toma rumbo a Buenos Aires.
Durante los 18 años que transcurren entre 1859 y 1877, Iparragirre vive con su familia la experiencia de la emigración americana. Hasta 1861, intenta sacar adelante su nueva familia con el oficio de pastor en un rancho de Mercedes (Uruguay), pero ante el fracaso económico de la empresa, se establecen en Montevideo regentando el café "Gernikako arbola".
Pese a ser muy fecuentado, la empresa comercial del café no marchó todo lo bien que debía. Ante la nostalgia y el apremio económico, Iparragirre decidió regresar al Europa con el apoyo de la comunidad vasca, que pagó una suscripción para cubrir los gastos de su viaje a Bayona. Su esposa e hijos permanecieron en Uruguay.
A su regreso, Iparraguirre continuó con su vida errante de cantor, poeta y músico popular. Desde su arribo el 20 de octubre de 1877, y hasta su muerte por neumonía en Ezkio Itsaso en 1881. Sus últimos años estuvieron marcados por el apremio y las dificultades económicas, que le impidieron materializar el rencuentro familiar en tierras vascas. El apoyo de amigos y una pequeña pensión de la Diputación le permitieron eludir la miseria.
Recibió varios homenajes a su regreso, en reconocimiento por sus composiciones musicales que tanto arraigo encontraron en el sentir de los vascos. Entre ellas destacan especialmente:Arabako Foru Aldundia - Diputación Foral de Álava. Uso público del recurso. En enlaces, reproducciones y otros usos citar: Obra original perteneciente a los fondos bibliográficos de la Casa de Cultura Ignacio Aldecoa Kultura Etxea (Vitoria-Gasteiz). http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/
Introducción que dice:
"El Anunciador Vitoriano se honra sobremanera, y cumple un gratísimo y patriótico deber, al unirse al duelo general que siente en estos momentos la tierra vascongada por la muerte del insigne y popular poeta autor del Guernicaco Arbola José María Iparraguirre, acaecida hace pocos días en un solitario caserío de Villareal de Urrechua (Guipúzcoa). Hoy, como en muchas ocasiones, dejamos a nuestro querido compañero en la prensa vascongada, Ricardo Becerro de Bengoa, el encargo de cumplir en nuestro nombre con esa gloria euskara, insertando a continuación el siguiente trabajo acerca del inspirado bardo guipuzcoano:
El texto de Becerro de Bengoa comienza:
"I. AYER. Cuando La Paz dio la noticia de que Iparraguirre vivía, y le envió desde Madrid un espontáneo y ardiente saludo, las colonias vascongadas de Buenos Aires y de Montevideo saludarn también al olvidado cantor, que vivía en las orillas de Río Negro, guardando un rebaño de ovejas, y dando lecciones de instrucción primaria a los hijos de algunas familias acomodadas vecinas de aquéllas inmensas soledades. Al saludo de La Paz contestó unánime el deseo de los paisanos de allende el Océano, que quisieron ayudarlo a volver a España, para que su país le honrara y acogiera como merecía. ¡Justo tributo pagado al poeta que, en una circunstancia solemne e inolvidable, había representado a la raza euskara con su inspiración y con su pluma!"...
sigue:
"II. HOY. Iparraguirre llegó a su patria cuando ésta lloraba perdidas sus viejas y veneradas leyes: cuando se enjugaba las lágrimas de sangre que había vertido en la guerra civil. Halló al país triste, desengañado, sin entusiasmo, sin aliento y sobre todo pobre, muy pobre. La madre Ueskaria ha sido saqueada por la guerra infame, sus arcas estaban exhaustas y su corazón velado por el luto. Poco valieron las excitaciones de los amigos del poeta: las diputaciones respondieron a las solicitudes hechas en su favor con una exigua limosna. Se le concedió a Iparraguirre lo puramente necesario para que, viviendo con suma modestia, no se muriera de hambre"...